Les parents de Zabuza étaient tous les deux médecins, ce qui lui vaut une grande connaissance sur le corps humain. Son enfance a été des plus calme jusqu'à l’age de ses 15 ans où une bande de pillard ont essayé de voler les médicaments de l’hôpital où travaillaient ses parents, ils se sont interposé et y ont trouvé la mort.
Depuis se jour Zabuza est devenu un garçon solitaire et rêveur. Il avait déjà commencé ses études de shinobi, et il passa son temps à l’entraînement ou à l’étude du corps humain, et des différents remèdes existants. Comme pour avoir un lien avec ses parents disparu. Son objectif, devenir un Ninja médical qui ferait partie des troupes de reconnaissance.
Comme ses parents sont morts, il élève son petit frère âgé de 10 ans tout seul. Lui aussi souhaitent devenir un Ninja, mais Zabuza s’y oppose car il veut voir son frère devenir adulte avec un métier où il ne risque pas sa vie chaque jour.