Il existe énormément de techniques ninjas à travers le monde. Vous pouvez les apprendre en prenant des cours à l'académie. Certaines techniques ne peuvent toutefois pas être apprises par tout le monde. Ces techniques sont appelées « des techniques héréditaires ». Pour pouvoir les utiliser il faut être originaire d'un clan en particulier Vous trouverez les différents clans ICI et ICI.

Vous ne pouvez apprendre, au début, que 7 techniques + celles du clan (le nombre varie suivant le clan choisi) + une invocation.
Par la suite 2 autres possibilités d’apprendre une technique sont gagnées à chaque passage de grade réussi (Chunin, Jounin, Kage) !
Quand votre nombre maximal de techniques pouvant être apprises est dépassé, il vous est possible « d’oublier » une technique pour en apprendre une nouvelle.

Pour utiliser une technique de façon optimale, il faut s’entrainer à l’effectuer après l’avoir apprise. De plus, suivant votre clan, et par là de votre affinité de chakra, vous êtes plus fort avec certaines techniques.
Par exemple: Vous êtes un Uchiwa, votre affinité est donc Katon (le feu). Vous effectuerez les techniques Katon plus puissantes qu’un membre du clan Kiri qui lui à une affinité de type Suiton (l’eau). Pourtant un ninja possèdent une affinité Fuiton (vent) aura aussi des technique Katon très efficace.